國內醫院的HIS建設從上世紀80年代初開始，雖然發展道路曲折，存在各種各樣的問題，取得的成就也是有目共睹的。衛生部最近的抽樣調查顯示，在國內近17000家縣以上醫院中，有31%的醫院已經建設了HIS系統。
在20年的發展中，國內HIS建設經歷了以下三種模式：醫院自己開發軟件（或與人合作開發）、醫院請人開發軟件和醫院購買商品化軟件。
現在，國內醫院HIS建設普遍采用購買商品化軟件的模式，1994年以來，全國至少有5000多家醫院通過這種模式建設了自己的HIS系統。
三大矛盾
但購買商品化軟件也存在很多問題，歸納起來主要有以下三大矛盾：
1. HIS是產品還是工程？
國內HIS經過多年的發展，HIS公司總希望把HIS做成“通用”產品，希望能滿足“所有”醫院的需求，盡量不做客戶化修改或者少修改。因此對于大型HIS系統而言，任何修改都非常困難，不但影響系統的穩定性，還會延長實施周期，增加成本。對于醫院來說，總是希望HIS公司能按照醫院的管理模式開發、修改軟件，盡量滿足醫院現行的管理模式，希望HIS按工程來做。
這是一對永遠的矛盾，問題之一。
2. 醫院在HIS建設中到底應扮演什么角色？永遠是被動接受者嗎？
醫院與HIS公司簽了合同，但醫院并不真正了解軟件，公司也不真正了解醫院的需求。于是，需要經過需求調研、修改、安裝、培訓、使用的過程。結果卻是：再修改、完善、扯皮、協調，沒完沒了。醫院永遠是等待者、接受者、配合者，永遠是被動的。
永遠被動，問題之二。
3. 軟件與服務，哪個更重要？
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