一、 现有成本核算系统的主要缺陷：
业务上：
a) 从表开始，不能有效反映具体的经济业务
b) 二维平面结构，不能有效反映多层次，多体系的数据
c) 不同核算对象，需要重复数据采集
d) 没有帐户余额，只有当期发生数据；
e) 没有结合医院实际的核算方法，无明显的核算层次
技术上：
a) 应用规划和规划调整困难；
b) 数据采集定义繁琐，需要大量重复细致的采集定义
c) 数据采集效率不高，甚至低下
结果：
掌握了系统的操作，不能胜任医院的成本核算应用的规划实施。系统实际是一个并不优良的平面报表工具，唯一优点是还能够从其他业务系统自动采集数据。
二、 新成本核算系统的数据体系——从台帐开始的业务系统
三、 新成本核算系统的功能体系：
科室成本核算系统：以医院科室为单位，能实现与HIS软件对接、归集和分配医疗总成本。并通过科学、合理的分配方法，对管理、医疗辅助、医技、直接医疗（门诊、临床）各类科室，分项、逐级、分步分配结转科室成本，实现全院各类科室的全成本。并对科室收入、成本、收益进行核算，输出、打印“收入、成本、收益”、“成本构成”、“成本项目”、“成本分析”、“成本分配”五类报表，通过比较、趋势、因素等多方面分析，全方位、多视角提供分析决策、控制的信息，为经营决策服务。
内部分配核算：以科室全成本核算数据为基础，为医院提供了奖励分配的模型，采用丰富灵活的选择方式，通过对绩效的考核，分别计算科室和个人奖金，使内部分配更具有标准化、系统化，更好地促进医院的管理工作。
病种成本核算：在科室全成本核算的基础上，按照ICD10的病种分类方法，配合增加病例分型（按各病种的A、B、C、D四型），分别核算病种成本，从病种角度为医院经营提供数据支持。
项目成本核算：依据科室全成本核算的数据及业务统计的数据对各医疗项目的成本核算，从项目角度提供医院经营决策的分析。
成本计划控制：在实现对医院科室全成本核算的基础上，建立对全院各核算单元的预算制，指定成本计划，对支出和费用进行有效控制、保证成本计划的完成。
四、 新成本核算系统的重点理论：
科室的分类：
a) 临床科室：直接面对病人进行诊断治疗的门诊住院临床科室，是医院产品生产部门
b) 医技科室：辅助进行检查检验治疗等诊治中间过程的科室，是医院辅助生产部门
c) 医学实物保障科室：为医疗业务科室提供实物保障的科室，如：药库/药房/卫生器材/消毒供应；
d) 医学技术保障科室：为医疗业务科室提供维修、信息等技术服务的和保障的科室，如：情报室/研究所/器械修理室/计算中心/病案科等
e) 后勤实物保障科室：主要是为全院各部门提供房屋、给养、卫生被服、办公用品供应的科室。
f) 后勤技术保障科室：为医院各部门提供维修、劳务服务保障的科室，如：汽车队
g) 行政管理科室：行政财务等部门。
为简化：可以简单划分为临床、医技、医学辅助、行政后勤四类部门。
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